Sujets de thèse proposés par les laboratoires FdV pour 2010/2011.
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Date : 23/4/2010
Laboratory
Evology & Evolution CNRS-UPMC-ENS UMR 7625
Ecole Normale Superieure, 24 rue Lhomond 75005 Paris
Director : Minus VAN BAALEN
PhD Supervisor
David CLAESSEN
email :
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phone : +33 144322721
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Evolutionary dynamics/Adaptive dynamics
2 : Ecological & biogeo dynamics/Population dynamics & MIT global circulation model
3 : Phytoplankton experimental evolution/Functional genomics
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Date : 23/4/2010
Laboratory
Theoretical Modeling of Cellular Physiology
UMR 8542
Ecole Normale Supérieure
46 rue d'Ulm 75005 Paris
Director : Alain Prochiantz
PhD Supervisor
David Holcman
email :
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phone : +33 144322377
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Neuroscience/Computationnal modelling
2 : Biophysics/Statistical physics
3 : Applied mathematics/Stochastic analysis
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Date : 23/4/2010
Laboratory
Mechanics and Genetics of Embryonic development
UMR 168, Physico-Chimie Curie
11 rue Pierre et Marie Curie 75005 Paris
Director : Jean-François Joanny
PhD Supervisor
Emmanuel Farge
email :
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phone : +33 156246760
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Myosin-II/Myo-GFP transgenic flies
2 : Mechanical strains/Ferro-fluid magnets
3 : Modeling/Analytical and simulations
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Date : 21/04/2010
Laboratory
Laboratoire de Neurosciences Cognitives
INSERM-ENS U960
ENS 29, rue d'Ulm 75005 Paris
Director : Etienne Koechlin
PhD Supervisor
Etienne Koechlin
email :
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phone : +33 1 44 32 26 40
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Neurosciences/fMRI
2 : Psychology/Behavioral recordings
3 : Applied mathematics/Modeling and simulation
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CJS INRA ELIGIBLE *
Date : 14/04/2010
Laboratory
Ecologie des populations et communautés INRA USC 2031
Université Pierre et Marie Curie (Paris 6)
7 quai Saint Bernard
Bât. A, 7ème étage 75252 Paris cedex 5
Director : Roger Arditi
PhD Supervisor
Thierry Spataro
email :
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phone : +33 1 44 08 86 09
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Genetic Allee effect and extinction risk/populations dynamics models
2 : mating behavior/individual based models
3 : Evolution of life history trait/adaptive dynamics models
(*) Avaliable funding : CJS INRA ELIGIBLE
This project may be selected to be founded by a 5-year grant from INRA (Early stage scientist contract)
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CJS INRA ELIGIBLE *
Date : 14/04/2010
Laboratory
MICALIS INRA, UMR 1319
Domaine de Vilvert 78352 Jouy en Josas
Director : Stéphane Aymerich
PhD Supervisor
Maarten Van de Guchte
email :
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phone : +33 134652528
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Construction of reference gene catalog/Bioinformatics
2 : Food - microbiota - host phenotype correlations/Statistics
3 : Metabolic pathway analysis/Biology and Bioinformatics
(*) Available funding : CJS INRA ELIGIBLE
This project may be selected to be founded by a 5-year grant from INRA (Early stage scientist contract)
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CJS INRA ELIGIBLE*
Date : 14/04/2010
Laboratory
Micalis INRA
Domaine de Vilvert, Batiment 222 78350 Jouy en Josas
Director : Stéphane Aymerich
PhD Supervisor
Marie-Agnès Petit
email :
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phone : +33 134652077
Subjects / Tools-Methodologies
1 : distant homologs of phage proteins/informatics
2 : estimation of diversity rates and rules/informatics, phylogeny
3 : in vivo analysis of new phage functions/virology, molecular biology
* CJS INRA eligible : available funding
This project may be selected to be founded by a 5-year grant from INRA (Early stage scientist contract)
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Date : 12/2/2010 + updated 14/04/2010
Laboratory
Statistique et Génome UMR CNRS 8071
523 place des Terrasses 91000 Evry
Director : Christophe Ambroise
PhD Supervisor
Catherine Matias
email :
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phone : +33 160873834
Subjects / Tools-Methodologies
1 : networks/modelling, comparison
2 : evolution/mathematical models, probability
3 : gene duplication/biological processes
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Date : 10/04/2010
Laboratory
Gènes, Synapses et Cognition URA 2182
INSTITUT PASTEUR
Unité Perception et Mémoire
25 rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15
FRANCE
Director : Pierre-Marie LLedo
PhD Supervisor
Sheila HARROCH
email :
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phone : +33 33140613424
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Tyrosine Phosphatases/KO mice and various constructions
2 : Myelination/lesions by cuprisone and MOG in collaboration
3 : repair/Fusion proteins constructs ready for proteins
Website : www.ura2182.cnrs-bellevue.fr
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Date : 10/4/2010
Laboratory
Laboratory of Neurophysiology and new microscopy
Inserm U603
45 rue des Saints-Pères 75006 paris
Director : Serge Charpak
PhD Supervisor
Serge Charpak
email :
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phone : +33 142864148
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Development of a new microscope/two photon imaging, optics
2 : Neuronal network activity/imaging calcium and spikes
3 : Olfactory bulb/odor
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Date : 08/04/2010
Laboratory
Origins, Structure and Evolution of Biodiversity UMR 7205 CNRS/MNHN
Muséum National d'Histoire Naturelle CP50
45, Rue Buffon 75005 Paris
Director : Louis Deharveng
PhD Supervisor
Mathieu Joron
email :
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phone : +33 140798092
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Evolutionary genetics/Linkage mapping, IlluminaRADtag sequencg
2 : Ecological bioinformatics/Fst genomic scans, High-throughput sequencing data
3 : Modelling/Coalescence/genealogy models, Bayesian inference
Website : www.mnhn.fr/oseb
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Date : 06/04/2010
Laboratory
Institut Cochin
INSERM U1016, CNRS UMR8104,
Université Paris Descartes
22 rue Méchain 75014 Paris
Director : Pierre-Olivier Couraud
Team
Insulin signaling, glucose sensing and glucotoxicity
PhD Supervisors
Tarik ISSAD / Anne-Françoise BURNOL
email :
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phone : +33 1 40 51 64 09
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Insulin signaling/Protein-protein interactions - BRET methodology
2 : Structural bioinformatics/Chemoinformatics - Virtual screening
3 : Pathophysiology of insulin action/animal models of diabetes and obesity
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Date : 02/04/2010
Laboratory
UMR de Génétique Végétale INRA UMR 0320 ; CNRS UMR 8120.
Le Moulon 91190 Gif-sur-Yvette
Director : Dominique de Vienne
PhD Supervisor
Olivier Martin
email :
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phone : +33 169332336
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Genomics/Statistics
2 : Systems Biology/Modeling
3 : Bioinformatics/Computational Science
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Date : 26/3/2010
Laboratory
Research Unit in Genomic Info INRA/ UR1164
INRA - Centre de recherches de Versailles, Route de St Cyr 78026 Versailles
Director : Hadi Quesneville
PhD Supervisor
Hadi Quesneville
email :
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phone : +33 130833110
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Transposable elements/Bioinformatics
2 : Genomics/Statistics
3 : Evolution/Computer science
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Date : 26/3/2010
Laboratory
Multiscale dynamics in animal morphogenesis
CNRS NeD
Avenue de la Terrasse bat 33 91198 Gif sur Yvette
Director : Philippe Vernier
PhD Supervisor
Nadine Peyrieras
email :
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phone : +33 169824142
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Morphogenesis/4D imaging
2 : Multiscale reconstruction/Image processing and analysis
3 : Biomechanics/Tensors calculation
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CJS INRA ELIGIBLE *
Date : 25/3/2010
Laboratory
IJPB, Equipe Développement et qualité des graines,
MIA Mathématiques et informatique appliquées
UMR 1318 INRA Agroparistech et unité MIA
Pôle Reproduction et Graines Bâtiment 2
INRA, Centre de Versailles-Grignon 78026 VERSAILLES Cedex
Director : David BOUCHEZ
PhD Supervisor
Bertrand DUBREUCQ
email :
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phone : +33 130833066
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Lipid bodies imaging/confocal imaging, image processing
2 : Modeling/mathematics, informatics, computational biology
3 : model validation/mutant analysis, transgenic plants
* CJS INRA eligible : available funding
This project may be selected to be founded by a 5-year grant from INRA (Early stage scientist contract)
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Date : 18/03/10
Laboratory
Laboratoire Ecologie & Evolution UMR 7625 (UMPC/ENS/AgroParisTech/CNRS)
Université Pierre et Marie Curie,
7 quai Saint-Bernard, case 237
75252 Paris
Director : Minus van Baalen
PhD Supervisor
David Laloi (Supervisor 1)
email :
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phone : +33 33144272735
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Evolution/Integrative ecology
2 : Mating and dispersal/Models and experiments
3 : Individual strategies/Behaviour and physiology
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Date : 11/03/10
Laboratory
Epigenomics Project / ISC-PIF CNRS UPS3201
Genopole campus 1 - Genavenir
65 rue Henri Desbruères 91030 EVRY cedex
Director : François Képès
PhD Supervisor
François KEPES
email :
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phone : +33 169474431
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Integrative Biology/Metabolism and DNA replication
2 : Chromosome structure and evolution/Systems and Synthetic Biology
3 : Bioinformatics/Complex Systems
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Date : 09/03/2010
Laboratory
Matière et Systèmes Complexes (MSC)
UMR 7057 CNRS Paris-Diderot
Batiment Condorcet case 7056
Université Paris Diderot
10 rue Alice Domon et Léonie Duquet
75205 Paris cedex 13
Director : Loïc Auvray
PhD Supervisor
François Gallet
email :
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phone : +33 157276214
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Cell mechanics/Optical tweezers
2 : Cell-cell and cell matrix adhesion/Micropatterning, videofluorescence
3 : Crosstalk/Molecular biology tools - expression of mutants
http://www.msc.univ-paris-diderot.fr/site/
Project partially funded by ANR
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Date : 5/03/2010
Laboratory
Molecular Biology of the gene in Extremophiles CNRS UMR8621
Institut de Génétique et Microbiologie 91405 Orsay
Director : Jean-Pierre Rousset
PhD Supervisor
Patrick Forterre
email :
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phone : +33 33169157489
Subjects / Tools-Methodologies
1 : DNA topoisomerase/Biochemistry
2 : Evolution/Molecular Biology
3 : Enzymology/Single molecule analysis
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CJS INRA ELIGIBLE *
Date : 4/3/2010
Modelling the topology of a host-parasite interaction network with statistical models for heterogeneous random graphs.
Laboratory 1
Mathématique et Informatique Appliquées
UMR 518 AgroParistech/INRA
16 rue Claude Bernard, 75005 Paris
Unit/Lab Director : Stéphane Robin
http://www.agroparistech.fr/mia/doku.php
Laboratory 2
BIOGECO, BIOdiversité, Gènes et Communautés
UMR1202 INRA/Université Bordeaux1
69 route d'Arcachon, 33612 Cestas Cedex
Unit/Lab Director : Antoine Kremer
http://www.pierroton.inra.fr/biogeco/presentation-en.html
PhD Supervisor 1
Jean-Jacques Daudin
email :
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phone : +33 1 44 08 16 67
PhD Supervisor 2
Corinne Vacher
email :
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phone : +33 5 57 12 27 24
Subjects / Tools-Methodologies
1 Identifying Modules in Graphs / Clustering and Mixture Models
2 Topology of an Ecological Network / Statistical Analysis of Complex Data Sets
3 Impact of Global Change / Metagenomic Data Analysis
* CJS INRA eligible : available funding
This project may be selected to be founded by a 5-year grant from INRA (Early stage scientist contract)
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Date : 4/3/2010
Laboratory
Neuroimaging and Psychiatry INSERM - CEA Unit 1000
SHFJ, 4 place Gl. Leclerc 91401 Orsay
Director : Jean-Luc Martinot
PhD Supervisor
Jean-Luc Martinot
email :
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phone : +33 1 69 86 77 57
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Brain imagin / Magnetic resonance imaging
2 : Psychopathology / Neurospychology
3 : Image processing / softwares
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Date : 4/03/2010
Laboratory
Ecologie et Evolution CNRS-UPMC-UMR 7625
UPMC, Bat A, 7e etage 7 quai St Bernard 75005 Paris
Director : Minus van Baalen
PhD Supervisor
Jean-Baptiste André
email :
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phone : +33 144272694
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Evolution/Mathematics
2 : Cooperation/Game theory
3 : Markets/microeconomics
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Date : 16/2/2010
Laboratory
Biomolecular Nanomanipulation Group
Institut Jacques Monod / CNRS UMR 7592
15 rue Hélène Brion Batiment Buffon 242B
75205 Paris Cedex 13
Director : Giuseppe Baldacci
PhD Supervisor
Terence Strick
email :
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phone : +33 157278020
Subjects / Tools-Methodologies
1 : DNA replication/magnetic trapping, single-molecule imaging
2 : DNA transcription/magnetic trapping, single-molecule imaging
3 : DNA repair/magnetic trapping, single-molecule imaging
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Date : 6/2/2010
Laboratory
Epigenomics Project CNRS UPS3201
Genopole Campus 1 - Genavenir 6
5 rue Henri Desbruères 91030 EVRY cedex
Director : François KEPES
PhD Supervisor
François KEPES
email :
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phone : +33 1 69 47 44 31
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Integrative Biology/systems and synthetic biology
2 : Chromosome structure and evolution/molecular genetics and microbiology
3 : Functional organization of cell nucleus/nucleoid/bioinformatics
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Date : 6/2/2010
Laboratory
Mucosal entry of HIV an mucosal immunology U1016 CNRS UMR 8104
22 rue Mechain 75014 paris
Director : Miorgane Bmsel
PhD Supervisor
Morgane Bomsel
email :
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phone : +33 140516497
Subjects / Tools-Methodologies
1 : HIV/eplants/reconstruction of mucosa
2 : mucosa/confocal and live fluorescent microscopy
3 : mucosal immunity/cell biology and cellular immunology
Available funding
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Date : 02/02/2010
Laboratory
Laboratoire Ecologie, Systématique & Evolution UMR CNRS 8079
Bat 362, Université Paris Sud, 91405 Orsay
Director : Pr Paul Leadley
PhD Supervisor
Franck Courchamp
email :
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phone : +33 169155685
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Ecology/Modelling
2 : Climate change/Lab and field experiments
3 : Biological invasions/artificial ant colonies
Website : http://www.ese.u-psud.fr/
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Date : 01/02/2010
Laboratory
IBISC
CNRS FRE 3901
523 place des terrasses de l'AGORA
91025 EVRY
Director :Jean Louis Giavitto
PhD Supervisor :
Franck Delaplace
email :
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phone : +33 160873825
Subjects / Tools-Methodologies:
1 : Complex systems / Formal methods
2 : synthetic biology / Compiler Design
3 : Unconventional languages / Biological Network Analysis
Web site : www.ibisc.univ-evry.fr
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Date : 31/10/2010
Laboratory
Molecular Plant Biology UMR 8197
Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS)
46 rue d'Ulm
75005 Paris
Director : Antoine TRILLER
PhD Supervisor
Chris Bowler
email :
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phone : +33 1 44 32 35 25
Subjects / Tools-Methodologies
1 : Diatom biology / Functional genomics
2 : Microbial oceanography / Comparative genomics
3 : Plankton biodiversity / Tara Oceans expedition
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Date : 27/01/2010
Laboratory :
Theoretical Physics of Condensed Matter
UMR 7600 University Pierre et Marie Curie
Director : Pascal Viot
PhD Supervisor :
Julien Mozziconacci
email :
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phone : +33 144272643
Subjects / Tools-Methodologies :
1 : Chromosome Structure / Physics & 3D Graphics tools
2 : Modeling Single Molecule Experiments / Brownian Dynamics Simulation
3 : Integrating high-throughput biodata / Statistics